Nếu muốn cây trồng sinh trưởng tốt và cho năng suất cao, cây lúa cũng như tất cả những cây trồng khác, đều có một nhu cầu rất cao đối với phân bón thời kỳ sau mọc mầm.
Trong thời kỳ hạt nẩy mầm, phôi hạt sử dụng nguồn dinh dưỡng sẵn có trong hạt để phân hóa, hình thành các bộ phận ban đầu như mầm và rễ cây. Giai đoạn này chỉ xảy ra trong vòng mấy ngày khi ngâm ủ. Thời kỳ này gọi là thời kỳ dinh dưỡng dị dưỡng của cây, tức cây chỉ sử dụng những vật chất hữu cơ sẵn có trong hạt để sống, mà chưa tự mình tổng hợp được vật chất hữu cơ để nuôi sống bản thân.
Sau khi ta sạ giống xuống đất, cây lúa bắt đầu thời kỳ dinh dưỡng tự dưỡng, tức sử dụng các chất khoáng trong môi trường đất, cùng với nước, khí CO2 và ánh sáng mặt trời để tự tổng hợp nên các chất hữu cơ cần thiết cho đời sống của mình. Trong thời kỳ này bộ rễ cây còn rất non nớt và nhỏ bé, nên chỉ có thể hấp thu được những nguồn dinh dưỡng cận kề. Bón phân lót trước khi sạ tức là cung cấp ngay các nguyên tố dinh dưỡng cần thiết, với lượng phù hợp cho cây trong giai đoạn đầu này.
Thường thì cây trồng vụ trước đã khai thác rất nhiều dinh dưỡng trong đất. Lúc sạ lúa môi trường đất đã trở nên nghèo, không có khả năng cung cấp cho cây đủ số lượng và chất lượng dinh dưỡng cần thiết. Nếu ta không bón lót chẳng khác nào ta đẻ con ra mà không cho bú, hoặc cho bú không đủ, gây tình trạng suy dinh dưỡng, mà sau này khó lòng khắc phục được thể trạng yếu đuối của cháu nhỏ. Vì vậy việc bón lót cho lúa trước khi sạ cũng có ý nghĩa tương tự.
Thông thường cây lúa cũng như những cây trồng khác cần rất nhiều loại nguyên tố dinh dưỡng khác nhau. Tuy nhiên tùy theo khả năng đất trồng của mình mà bà con nông dân cần bón lót những gì cho lúa.
Ở những chân đất tốt, hay những ruộng sau mùa lũ thường có sẵn nhiều nguyên tố dinh dưỡng trung lượng và vi lượng như Canxi, Magie, Lưu huỳnh, Đồng, Kẽm, Bo v.v.., nên viện bón lót chỉ cần bón đủ lượng phân NPK cần thiết. Ngược lại ở những chân đất nghèo, hay đất trồng nhiều vụ/ năm bà con phải chú ý bón phân sao cho đảm bảo cung cấp đầy đủ các nguyên tố dinh dưỡng trên.
Có thể bón lót phân chuồng hoai mục kết hợp với phân NPK, hay bón phân lân super kết hợp với phân NPK, hoặc bón lót loại phân có chứa sẵn các loại dinh dưỡng đó của các xí nghiệp thuộc Công Ty Phân Bón Miền Nam như phân lân hữu cơ vi lượng kết hợp với phân chuyên dùng cho lúa R1, phân chuyên dùng cho lúa L1, hay dùng các loại phân NPK phù hợp khác.
Về lượng bón cho 1 ha bà con có thể bón theo hướng dẫn của loại phân chuyên dùng hoặc tính toán sao cho có khoảng 20-30 kgN + 20-30 kg P2O5 + lượng nhỏ kali. Số lượng phân này sẽ đảm bảo nuôi cây trong thời kỳ 18-20 ngày đầu, sau đó bà con phải kịp thời bón phân cho giai đoạn đẻ nhánh, và sau đó (tức 40-45 ngày sau sạ) phải bón phân cho thời kỳ đòng và nuôi hạt (như đã hướng dẫn cho cây lúa giống thấp cây).