Trồng đậu nành luân canh lúa ở ĐBSCL hiện nay được Nhà nước khuyến khích nhằm giảm sản lượng trồng lúa, tăng nguồn nguyên liệu cho chế biến thức ăn chăn nuôi và thủy sản.
Các nghiên cứu về sản xuất đậu nành trên nền đất lúa cho thấy nếu trồng lúa độc canh liên tục năng suất lúa thấp hơn so với trồng lúa có luân canh đậu nành.
Có thể trồng đậu nành quanh năm, nhưng chú ý tránh mùa mưa, do khó khăn trong phơi sấy và tách hạt, làm giảm chất lượng. Ở ĐBSCL thường sau vụ lúa đông xuân hoặc hè thu sớm, người ta gieo trồng đậu nành, khi đất ruộng còn ẩm ướt.
Chọn ruộng có bờ bao và mương thoát nước tốt, đất không quá phèn. Có thể trồng đậu nành trong điều kiện không làm đất hoặc có làm đất tối thiểu để cho kịp thời vụ. Cũng có những ruộng đất đang ẩm để vậy gieo hạt luôn.
Nếu trồng trên đất được cày xới thì việc quản lý cỏ dại sẽ thuận lợi hơn. Ngoài ra, đậu nành có thể trồng xen canh. Ví dụ, có thể trồng xen với cây trồng khác như cây bắp lai: Trồng xen 2, 3 hàng đậu nành ở giữa 1, 2 hàng bắp sẽ cho năng suất cao hơn và hiệu quả tổng hợp.
Bón phân: Theo các khuyến cáo của ngành nông nghiệp, lượng phân bón cho 1ha đậu nành là: Đạm (sulfat đạm hoặc urê): 50 – 100kg (tương đương 23 – 46kg N) + Super lân từ 200 – 300kg (tương đương 32 – 48kg P2O5) + sulfat kali (clorua kali): 100 – 150kg (tương đương 60 – 90kg K2O). Chú ý bón thêm phân chuồng từ 5 – 8 tấn/ha và bón thêm vôi khoảng 500 kg/ha nếu đất phèn.
Bón lót toàn bộ phân lân và vôi trước khi gieo trộn vào đất. Bón thúc lần 1 khi cây có 2 – 3 lá thật (12 – 15 ngày sau gieo) và lần 2 khi cây có 4 – 5 lá thật (30 – 35ngày sau gieo) trước khi ra hoa. Mỗi lần bón ½ số phân đạm và kali. Phân bón thúc rãi theo hàng, theo hốc rồi tưới nước ngay hoặc hòa tan rồi tưới vào gốc.
Để bón phân có hiệu quả cao, nếu có điều kiện thì nên làm đất vì khi ấy phân bón dễ lấp vào đất không bị lãng phí. Tuy nhiên, ở ĐBSCL thường áp dụng không làm đất nhằm giảm chi phí, nên cần chú ý đảm bảo hiệu quả bón phân như sau: Bón vào lúc chiều mát và tưới ngay.
Hôm sau tưới lần nữa để phân thấm sâu vào đất; kết hợp tận dụng rơm rạ, phủ đất giữa các hàng đậu để giữ ẩm, giữ phân và tránh cỏ dại. Chú ý kiểm tra độ hòa tan của phân trươc khi dùng, không dùng phân khó tan hoặc kém phẩm chất.