Trong quá trình bảo quản hạt ngô thường bị một số hiện tượng sau: Bị nhiễm mốc, lên men, sâu mọt, tự bốc nóng. Để tránh hiện tượng trên bà con cần thực hiện theo các bước sau:
+ Bước 1 thu hoạch: Khi ngô đã chín hoàn toàn (tức là sau khi hình thành hạt được 60 – 65 ngày tuỳ theo giống và thời vụ).+ Bước 2 làm ngô: Sau khi thu hoạch hạt ngô có độ ẩm khoảng 25 – 28%. Đặc biệt khi thu hoạch trong điều kiện thời tiết xấu, độ ẩm hạt có thể lên tới 35%. Ngô cần được làm khô bằng cách như sau:- Phơi nắng: Ngô có thể phơi cả bắp đến khi đạt độ khô cần thiết cho quá trình bảo quản (ẩm độ hạt 12 – 13%). Trước khi phơi, bắp ngô phải được bóc bỏ hết lá bẹ và râu ngô. Có thể túm lá bẹ thành túm treo khô và bảo quản nguyên bắp. Sân phơi phải khô, sạch, thoáng, dễ thoát nước, nếu sân đất phải lót cót, bạt hoặc tấm nhựa. Ở những vùng trồng nhiều ngô có thể sử dụng kho hong gió để hong khô. Bố trí kho hong gió ở nơi cao ráo, thông gió, bề mặt kho vuông góc với hướng gió chính của vùng mình. Kho thường làm cao 2,5 – 3,5 cm, rộng 1m, sàn kho cách mặt đất trên 60 cm. Thành kho phải thoáng cho gió lùa qua và thường được làm bằng phên che, nứa đan mắt cáo, hoặc ghép gỗ thưa để không rơi và lọt bắp ngô.+ Bước 3 tẽ ngô: Là tách hạt khỏi lõi, làm sạch hạt, loại bỏ tạp chất, có thể sử dụng các loại công cụ tẽ ngô đơn giản cầm tay hoặc bán cơ giới.+ Bước 4 làm sạch và phân loại: Ngô sau khi tẽ cần được làm sạch và loại bỏ các hạt kẹ, hạt sứt vỡ và các tạp chất khác, có thể sàng bằng tay.+ Bước 5 bảo quản ngô: Để hạn chế tỷ lệ tổn thất trong bảo quản phải có dụng cụ bảo quản thích hợp: Các thùng chứa có nắp kín (chum, vại, thùng…). Kho bảo quản phải khô, sạch, không có mùi lạ, có thể dùng bao nhựa, bao đay hoặc bao tơ dứa. Nơi bảo quản phải khô ráo, thoáng, không bị ẩm dột, có mái che mưa, có biện pháp phòng chống sâu mọt, chuột, được vệ sinh và phun thuốc phòng trừ côn trùng hại kho. Ngô đưa vào bảo quản phải đạt các tiêu chuẩn khô, sạch và có phân loại.- Bảo quản ngô bắp: Sau khi được làm khô, ngô bắp được bảo quản kín trong 2 lớp bao, lớp trong là túi nhựa, lớp ngoài là bao đay hoặc bao dứa tơ. Các loại bao đều được buộc chặt. Xếp các bao ngô ở nơi khô ráo, có sàn cao cách mặt đất trên 10 cm và cách tường vách trên 30 cm, thoáng đãng, không bị ẩm mốc.- Bảo quản ngô hạt thương phẩm: Bảo quản trong chum, vại, thùng có nắp kín hoặc bao nhựa buộc kín miệng. Bảo quản trong vựa 2 lòng bằng phên hoặc cót. Giữa 2 lớp phên cót là trấu khô sạch, nền vựa được lót trấu sạch dày hơn 20 cm. Lớp trấu được phủ 2 lớp phên, cót hoặc bao tải, giữa 2 lượt phên, cót, bao tải là lớp vôi cục dày trên 5 cm, bảo quản ngô ở nơi thoáng mát, không ẩm dột.v