Ozon được sử dụng khá rộng rãi trong các trại sản xuất giống thủy sản ở các nước phát triển, nhờ khả năng oxy hóa cao nên chúng hạn chế sự phát triển các vi sinh vật gây bệnh trong hệ thống nuôi. Không khí được làm khô trước khi đưa vào máy ozon (ozonizer) để nạp thêm một nguyên tử oxy (có thể dùng đèn cực tím để tạo ra ozon với nồng độ thấp). Khi vào trong nước, chúng phân ly rất nhanh và oxy hóa các phân tử vô cơ và hữu cơ. Để xử lý nước, nồng độ ozon dao động trong phạm vi 0,03 – 0,30 mg/l/giờ. Điều này phụ thuộc vào đối tượng nuôi, vào giai đoạn phát triển và hàm lượng các chất hữu cơ có trong nước. Dùng ozon để xử lý cho trứng hoặc cho tôm cá bố mẹ thì đòi hỏi nồng độ cao hơn, nhưng không vượt quá 0,5 ppm.
Điều chỉnh hàm lượng ozon trong nước, người ta thường dùng máy đo khả năng oxy hóa khử của ozon (Redox potential), đơn vị tính là mV, thông thường nằm trong phạm vi trong khoảng 350 – 400 mV.
Sử dụng ozon cũng có một số hạn chế: ozon phản ứng với các ion chlorid và bromid tạo nên hypochlorid và hypobromid gây hại cho mang cá và một số loài động vật không xương sống. Với nồng độ cao, ozon có thể giết một số tảo lớn (macroalgae) và ảnh hưởng đến sức khỏe của con người như nhức đầu, hại mắt và buồn nôn. Ngoài ra, ozon có thể oxy hóa và làm thay đổi đặc tính một số chất hóa học và thuốc kháng sinh, cho nên phải tắt ozonizer vài giờ cho đến một ngày trước khi dùng thuốc hoặc hóa chất để trị bệnh cho tôm cá.
Máy ozon cần phải được treo cao hơn mức nước trong bể nuôi (hoặc dùng van một chiều) để tránh hiện tượng nước theo ống dẫn chảy ngược vào máy. Không dùng các loại dây dẫn bằng cao su hoặc plastic cho máy ozonizer vì chúng sẽ nhanh chóng bị hỏng.