Các loài giáp xác chỉ đồng hóa được 20-30% lượng thức ăn đưa vào cơ thể, phần còn lại được thải ra trong môi trường nước ao nuôi. Khoảng 50% của tổng lượng nitrogen đưa vào ao nuôi (chủ yếu là thức ăn) cuối cùng sẽ chuyển thành ammonia.
Các nghiên cứu ở Úc cho thấy khi đưa nguồn carbon vào ao nuôi sẽ gia tăng việc tiêu thụ các nguồn nitrogen vô cơ bởi vi khuẩn dị dưỡng theo cơ chế vi khuẩn dị dưỡng sẽ sử dụng carbon hữu cơ như một nguồn năng lượng cùng với nitrogen để tổng hợp ra protein cho việc kiến tạo tế bào mới của vi khuẩn vì vậy nếu chúng ta cung cấp nguồn carbon thì giúp vi khuẩn dị dưỡng đồng hóa tốt hơn các nguồn nitrogen sẵn có.
Hàm lượng carbon cần bổ sung bao nhiêu là vừa cho ao nuôi tôm?
Về mặt lý thuyết thì sinh khối vi khuẩn có tỉ lệ C:N là 5:1 vì vậy việc bổ sung carbon phải duy trì mức cân bằng tỉ lệ này. Tuy nhiên, giống như tôm cá chỉ đồng hóa 1 phần thức ăn đưa vào cơ thể và vi khuẩn cũng vậy chỉ đồng hóa khoảng 40% lượng carbon đưa vào cơ thể, điều đó có nghĩa là chúng ta phải đưa vào lượng carbon để cân bằng được tỉ lệ C:N trong ao ở mức C:N = 12,5 : 1 (theo phép tính tương quan tỉ lệ thuận (5 x 100)/40 : 1 = 12,5 : 1).
Rỉ đường (molasses) là một nguồn carbon lý tưởng vì nó rẽ tiền và chứa lượng lớn carbon và dẽ dàng sử dụng (hòa trộn thẳng với nước ao rồi tạt). Rỉ đường tốt dạng đậm đặc cũng chỉ chứa 40% carbon, như vậy để đảm bảo tỉ lệ 12,5 C: 1 N thì lượng rỉ đường phải cung cấp cho 1g nitrogen sinh học phải là 32g (cũng theo cách tính tỉ lệ thuận 100g rỉ đường chứa 40g carbon như vậy để cần 12,5g carbon phải cần 32g rỉ đường). Như vậy, để tính được lượng rỉ đường tương đối chính xác cần bón cho ao nuôi tôm thì người nuôi tôm cần đo lượng Ammonia tổng số và Nitrite (cùng với ước tính cho các Nitrogen sinh học còn lại – thông thường khoảng 50%) để có thể sử dụng lượng rỉ đường chính xác cho ao nuôi tôm.
Ngoài ra, nguồn rỉ đường cần phải chọn lựa loại rỉ đường tốt nếu không các tạp chất trong quá trình sản xuất đường và kết tủa rỉ đường sẽ làm vẫn đục ao nuôi tôm cũng như gây độc cho tôm nuôi (đặc biệt việc dùng các chất kết tủa như sút trong quá trình sản xuất đường).
Ao nuôi bón rỉ đường cần phải đảm bảo oxi hòa tan đủ cho các dòng vi khuẩn dị dưỡng hiếu khí vì quá trình đồng hóa carbon và nitrogen là quá trình hiếu khí, ngoài ra việc đảo trộn liên tục để đảm bảo các hạt hữu cơ lơ lững trong cột nước giúp cho vi khuẩn bám vào các hạt hữu cơ này để thực hiện quá trình đồng hóa nguồn nitrogen sẵn có.
Kết quả nghiên cứu ở Úc cho thấy 65% nitrogen sinh học trong ao nuôi tôm được loại bỏ trong vòng 6 giờ sau khi bón rỉ đường và trong vòng 12 giờ toàn bộ nguồn ammonia gần như được loại bỏ.
Ngoài việc loại bỏ nguồn nitrogen, rỉ đường còn có tác dụng kiểm soát ổn định tốt pH ao nuôi. pH cao trong ao nuôi tôm thường do mật độ tảo trong ao quá dày nên khi tảo tiêu thụ carbon từ khí Carbonic dioxide (CO2) cho quá trình quang hợp làm giảm tính axit của nước nên pH tăng cao.
Khi bón rỉ đường sẽ gia tăng mật độ vi khuẩn dị dưỡng đưa đến thành lập cân bằng giữa quá trình quang hợp và quá trình dị dưỡng giúp cho vi khuẩn dị dưỡng cạnh tranh hiệu quả nguồn carbon với tảo nhờ vậy giữ mật độ tảo ổn định và không quá cao nên pH ổn định theo.